Pedro de Córdova nació en Andalucía, España entre 1460 y 1482. Realizó estudios de Teología en la Universidad de Salamanca e incresó en la Orden Dominica.

En 1510 llegó a Santo Domingo en la isla de La Española, entonces sede de la Audiencia de los territorios españoles en el Nuevo Mundo, junto con otros tres frailes dominicos, fray Antonio Montesino, fray Bernardo de Santo Domingo y fray Domingo de Villamayor y constituyó la primera comunidad de esa orden en América cuando fundó, en la provincia de Santa Cruz su convento.

En el transcurso del viaje a Santo Domingo la nave Espíndola, donde viajaban los religiosos, realizó una parada en Puerto Rico. Pronto llegarían a esa tierra, en diciembre de 1510 otra expedición de dominicos y un año después otra tercera. En esa parada tuvieron que dejar a fray Antonio Montesino en la isla, en Caparra, al estar gravemente enfermo. Probablemente, según creen historiadores como Antonio Cuesta Mendoza, fue en esa ocasión cuando Montesinos tuvo la ocurrencia de fundar un convento de su orden en la isla. En 1521, cuando se traslada Caparra a la isla de San Juan, una de la principales obras es la construcción de un convento dominico en la parte septentrional de la isleta, para lo que trae seis frailes. Ya en 1514 estuvieron de visita en Puerto Rico fray Antonio Montesino, fray Pedro de Córdova y fray Juan Garcés.

Fray Pedro de Córdova, junto con sus compañeros, se dedicó a la evangelización y educación de los indígenas llegando a publicar un catecismo dedicado a la enseñanza de la doctrina de Cristo a los indios. El catecismo, publicado en 1544 en México por el obispo de Nueva España fray Juan de Zumárraga, se titulaba Doctrina cristiana para instrucción e información de los Indios por manera de historia.

Al año siguiente de su llegada a La Española, permitió la denuncia que fray Antonio de Montesinos realizó en el sermón del 21 de diciembre de 1511 contra los abusos que se estaban cometiendo en el sistema de encomiendas que llegaban a esclavizar a los encomendados, saltándose las obligaciones que dicho sistema les imponía a los colonizadores. La denuncia caló y molesto a la excipiente y poderosa sociedad colonial, que basaba sus riquezas en la explotación esclavista de los indígenas. Fue tal el mal estar que Pedro de Córdova se vio obligado a volver a metrópolis a responder a las acusaciones, que desde La Española le llegaron al rey. Sus razones sirvieron para que las Leyes de Burgos fueran suavizadas.

Realizó la labor misionera en los territorios de La Española y Venezuela e intentó, junto con Montesinos, realizar una evangelización pacífica.

La defensa de los indios, que realizó junto con fray Bartolomé de Las Casas, junto con el proceder diario le proporcionó una gran reputación de sacerdote modelo. Fue altamente respetado por el clero, los laicos y los indios.

Murió en Santo Domingo en el 4 de mayo del año 1525 o 1521 según otras fuentes.